El instituto se propone ser un centro de excelencia nacional e internacional, un lugar donde realizar estudios científicos avanzados y de alta calidad certificada. El instituto desarrolla capacidades estratégicas para la Provincia de Jujuy y para la región del Norte Grande dando soporte tecnológico para el desarrollo de investigaciones científicas en arqueología como en otras disciplinas de la Universidad Nacional de Jujuy. Permite el estudio y la puesta en valor de bienes culturales como monumentos, esculturas, pinturas mediante la prestación de servicios y el desarrollo de proyectos de investigación. En ese sentido se dispone de una planta permanente de investigadores y técnicos de los organismos que los patrocinan, pero también acoge investigadores visitantes para la realización de proyectos específicos. En términos organizativos el instituto recibe dichos proyectos los cuales pueden acceder a las plataformas analíticas, experimentales, de cálculos, modelizaciones y de almacenamientos de datos.

El instituto es también un centro de capacitación y formación de especialistas destinados a integrarse en diferentes equipos nacionales e internacionales. Dicha formación se imparte a través de seminarios de capacitación que acompañan al proyecto de investigación, en acuerdo con organismos públicos y privados. El personal técnico y los investigadores formados en el InDyA, no sólo aspiraran a aplicar sus conocimientos en el área de la arqueología sino en múltiples áreas de investigación o en la industria regional, que requieran de la utilización de técnicas analíticas.