Desarrollar la investigación transdisciplinaria en arqueología mediante la experimentación, la modelización y las técnicas analíticas, promoviendo la innovación tecnológica y metodológica. Al mismo tiempo, contribuir al desarrollo económico y social de la región a través de líneas de investigación originales y de la prestación de servicios.

Formar y capacitar. El instituto tendrá como uno de sus objetivos la formación y la capacitación de recursos humanos con una visión transdisciplinaria en el campo de la arqueología en general y la arqueometría en particular, además de colaborar con los diferentes niveles de educación difundiendo, desde la práctica del método científico, los conocimientos arqueológicos de la historia de la evolución humana y sus particularidades a escala regional.

Ser un agente activo en la incorporación y la formación de investigadores de otras disciplinas conexas (biólogos, geólogos, físicos, químicos, matemáticos, etc.).

Colaborar con la divulgación y puesta en valor del patrimonio cultural regional, incentivando la investigación y la concientización de la preservación de los bienes culturales.

Asistir a los sectores productivos de la región con el fin de impulsar su desarrollo tecnológico y económico.