Entre las problemáticas que se desarrollan, se incentivan los proyectos arqueológicos que tengan en cuenta los siguientes aspectos:
- La interpretación del registro arqueológico y su significación mediante el estudio de la formación de sitios y del registro arqueológico.
- La caracterización de materiales y sus propiedades
- La modelización de sistemas complejos relacionados con las técnicas aplicadas por el hombre en el pasado, a partir de aproximaciones experimentales.
- La aplicación de técnicas arqueométricas a la reconstrucción del comportamiento humano en el pasado y del paleoambiente.
Las líneas de investigación sobre el pasado humano que se priorizan serán las siguientes:
- La relación entre el hombre y su ambiente en el pasado, el estudio de la relación entre naturaleza y la cultura y los sistemas de adaptación humanos en el pasado.
- La comprensión de la evolución de dichos sistemas.
- La comprensión de los modos de producción y la gestión de la energía y de otros recursos en el pasado.
- El estudio de dichos procesos a través de diferentes aproximaciones tales como: la arqueozoología, la arqueobotánica, la paleotérmica, la ceramología, la geoarqueología, la biogeoquímica (orgánica e inorgánica), la física, las matemáticas aplicadas, las simulaciones numéricas y la informatización de datos y de su representación.
- La modelización de procesos de poblamiento de Argentina y de América
- Los modos de producción, reproducción y adaptación de las sociedades cazadoras recolectoras.
- La emergencia de la complejidad en las sociedades sudamericanas.
- El poder, la producción, el control y la emergencia del estado.
- Los sistemas de representaciones, la organización social y la infraestructura en sociedades complejas
- Las transformaciones sociales, los cambios, las desestructuraciones y las resiliencias en la interacción entre las sociedades originarias y las sociedades europeas y el proceso de formación del estado nacional.
Finalmente el instituto promueve los estudios sobre bienes culturales arqueológicos y artísticos. Esta línea de investigación supone la caracterización de materiales con el fin de preservar, restaurar o conservar lato sensu distintos tipos de muestras y/u objetos. También es una línea abierta a prestar servicios a la comunidad para la puesta en valor del patrimonio.
Las distintas líneas de investigación se valen de las distintas plataformas analíticas, de forma combinada en la mayor parte de los casos, de tal modo de resolver problemáticas complejas mediante el análisis de una variedad muy grande de tipos de muestras.